来自于色谱系统的污染主要指，HPLC仪器系统中部件磨损而产生的固体颗粒，以及流动相系统过滤不*残留的固体颗粒。来自于样品的污染主要指未*溶解的样品或者已*溶解的样品进入色谱系统中，由于样品溶剂和流动相溶剂对样品溶解存在的溶解度差异，导致沉淀析出污染系统。
特别是对于中药 、天然产物、合成中间体及生物药品的检测，因基质的复杂性，色谱柱受污染的情况会更加严重。污染会导致色谱系统压力升高、色谱柱塌陷、填料变色等，从而带来检测成本高，测试结果不准确等各种影响。
1、中药、天然产物及合成中间体等基质较复杂的样品分析--因溶解性差异导致样品析出而污染分析柱的情况比较严重，梯度洗脱时影响更大。
2、生物样品分析--因样品的不可逆吸附导致的污染，保护柱可先于分析柱承受这种污染，从而延长分析柱寿命。
保护柱很重要，但选择合适的保护柱更重要，选择或使用不当也可能带来截然相反的效果。
液相保护柱选择考虑以下几方面因素：
1、除非特殊情况，一般选择填料基质与分析柱基质*相同的保护柱。
2、选择保护柱尺寸可按柱体积计算，保护柱体积按分析柱体积的5%-10%即可；如4.6*250mm的分析柱体积约为4ml，保护柱体积可选择在0.2-0.4ml之间为宜。同时，保护柱内径应与分析柱内径相同或相当。
保护住使用注意事项：
1、独立式保护柱与分析柱连接时，连接管路尽可能短，且接口切面平常，尽量减少死体积以降低柱外展宽效应。
2、卡套式保护柱一般未标注液流方向，使用时最好自行标注，并按照标注方向来使用，以免正反向使用后，截留的杂质污染分析柱。
3、直接填装的短柱型保护柱，出现柱压升高或峰型变差时，可不接分析柱进行反向清洗，清洗溶剂可参考分析柱清洗溶剂。
4、卡套式保护柱，柱芯替换时，注意柱芯与柱套是否存在方向上的匹配，同时不易旋拧过紧，以防滑丝。
5、液相保护柱或柱芯一般不建议超声清洗，因可能对填料表面修饰有影响。
6、如同一保护柱配不同的分析柱使用，每次使用前，保护柱需先清洗并用流动相平衡保护柱一段时间后，再接分析柱使用。
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