在液相色谱仪检测分析过程中，硅胶色谱柱上被吸附的样品成分累积到一定程度时，就开始形成新的固定相。新的检测物质能与残留杂质作用形成一定的分离机理，从而导致保留时间波动，出现拖尾现象。随着时间的积累，色谱柱的反压就会超过泵所能承受的最大压力，使色谱柱无法工作以及在堵塞处产生空体积。
清洗色谱柱的频率主要看有多少强保留物质流经色谱柱，因为反相柱有时候在分辨率消失或者鬼峰出现前能承受很大的污染，使用者经常会等到出现了异常情况才开始注意。然而，污染物过多的累积会导致清洗柱子的难度加大。所以，经常用杂质较多的样品上样时，应当有规律地清洗柱子。
再生被污染的液相色谱柱的关键是了解污染物的性质并且找到适当的溶剂来清除。如果污染是因为重复进样时强保留物质的累积引起的，可用90～100%较强的溶剂冲洗20个体积可以清除污染物。例如，柱子中残留的脂质就能用非水溶剂如甲醇、乙晴、四氢呋喃。如果使用的是缓冲液系统，不要直接切换到强溶剂，突然转换到高浓度有机溶剂可能会使HPLC流动体系中的缓冲液沉淀，这样会导致更大的问题如柱头堵塞、管道堵塞、泵泄漏、活塞损伤或进样阀转轴失灵。应该先用无缓冲流动相(即把缓冲液换成水)冲洗5～10个体积以后才更换强溶剂。
有时候，强溶剂也没法把残留在色谱柱上的污染物洗掉。那么就需要使用更强的溶剂或者多重溶剂来清洗柱子。一般来说，所有的清洗方法都有类似的形式。所用的溶剂都是随溶剂强度增加，经常最后一个溶剂是非常疏水的(如醋酸乙酯)，可以用来溶解非极性物质如脂质和油类。在使用多重溶剂时，须保证每个溶剂都能与下一个溶剂互混。清洗过程要结束时，必须借助一个中等强度能互混的溶剂而回到原始溶剂系统。例如，异丙醇是一个非常好的作为中间步骤的溶剂，因为它能与正己烷或二氯甲烷互溶又能与水相溶剂互溶。但是异丙醇粘度非常大，必须确保较低的流速以免使泵压过高。当然，如果使用紫外检测器的话，避免溶剂在紫外区域有吸收，要不然需使用大量的溶剂冲洗才能使基线平稳。
让色谱分离更有效
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